يسافر ساتوشي وأصدقاؤه إلى لاروس ، حيث يلتقون بصبي يدعى توي يخاف من بوكيمون بسبب حادثة وقعت قبل أربع سنوات. في هذه الأثناء ، ظهر Deoxys ، وهو بوكيمون من الفضاء ، مرة أخرى ، ووضع حاجزًا حول المدينة وخطف الناس. Rayquaza ، بوكيمون يعيش في الجو ، يأتي لمحاربته.
