قصة أنمي Gakuen Alice تدور حول فتاة تبلغ العاشرة من العمر تدعى ساكورا ميكان، انهارت بعد انتقال أعز صديقاتها إيماي هوتارو إلى مدرسة للأطفال العباقرة في طوكيو. وبعد سماعها إشاعات حول ما يحدث في تلك الأكاديمية هربت ميكان من المنزل تاركة جدها لتبحث عن صديقتها العزيزة ولتجد تلك المدرسة الي انتقلت إليها هوتارو. مدرسة Gakuen Alice هي تحديدًا خاصة للأطفال الذين لديهم قدرات خاصة تدعى Alice. يكتشف أحد معلمي المدرسة، ويدَّعى نارومي أن ميكان أيضًا لديها قدرة خاصة Alice ويُـلحقها بالمدرسة.
